新疆农垦科学院生物技术研究所，系由2007年5月成立的新疆农垦科学院分子农业技术育种中心于2014年8月更名而成。生物所下设作物分子育种、植物基因工程、植物逆境生物学、作物种质资源及应用微生物等5个研究室，现有专业技术人员13人，是国家农作物种质资源平台——新疆兵团种质资源子平台和作物种质创新与基因资源利用兵团重点实验室的技术依托单位。新疆兵团种质资源库，总实用面积300m2，种子生物学实验室面积600m2。目前已保存、待整理保存以及资源圃种质资源包括15科，45属，11000余份，其中新疆主要经济作物棉花的种质资源越占45.5%。

  兵团重点实验室，专业实验区面积1000 m2，拥有植物组织培养室80 m2、智能人工气候室23 m2。承担国家973计划、863计划、科技支撑计划、转基因生物品种选育重大专项、国家自然基金等各级各类项目37项。选育并审定大豆新品种2个，建立了棉花高效遗传转化体系，获得转抗逆基因棉花新材料33份，创制不同类型棉花新材料300份。《干旱区杂交棉亲本繁育及杂交种子质量控制》成果获2014年度兵团科技进步奖二等奖；发表研究论文65篇，申报专利7项；注册抗逆关键新基因3个；培养博士和硕士各2名。