Предлагается генотипическая характеристика культур микроорганизмов с применением методов молекулярной биологии, капиллярного секвенирования гена 16S рРНК и высокопроизводительного секвенирования геномов с последующей сборкой. Возможна характеристика идентифицирующих маркерных генетических последовательностей отдельных штаммов микроорганизмов, а также полное секвенирование и расшифровка генома. Для анализа и таксономической характеристикибактериальных ассоциаций и микробиомов предлагается секвенирование 16S рРНК.